Yleisimpiä kunnostustarvetta aiheuttavia ongelmia järvissä ovat rehevöityminen, mataloituminen ja umpeenkasvu. Tehokkaillakaan kunnostustoimilla ei yleensä saada pysyviä vaikutuksia aikaiseksi, jos järveen tuleva ravinne- ja kiintoainekuormitus on liian suuri eikä ulkoista kuormitusta vähennetä. Tietoa vesistöjen kunnostuksesta ja hoidosta löytyy muun muassa ympäristöhallinnon sivuilta.

Ennen kunnostustoimia tulee selvittää luvan tarve paikallisesta ELY-keskuksesta. Ruoppauksissa ja ruoppausmassojen läjityksissä tulee huomoida mahdolliset sedimentin haitta-aineet. Esimerkiksi Sikojoen uoman keskiosaan on paikoin kertynyt PCB 118 yhdistettä (Sikojoen sedimenttitutkimukset 2014-2015, pdf). Myös kohteen luontoarvoja on usein tarpeen selvittää.

Pirkkalan kunta on tehnyt erilaisia vesistön kunnostus- ja hoitotoimia etenkin kunnan keskustassa sijaitsevalle Vähäjärvelle. Kunta on ollut myös aktiivisesti edistämässä Sikojoen kunnostushanketta. Kunnan toimesta on toteutettu myös erilaisia valuma-aluetoimenpiteitä. Esimerkiksi Riekonlahdentien viereen rakennettiin monivaikutteinen kosteikko heinä-elokuun 2019 aikana.